1994 সালে কমিশনার, (আবার নাম ভূমিকায় সুরেশ গোপীর সাথে) বেশ কয়েকটি বক্স অফিস রেকর্ড ভেঙে দেয় এবং বছরের সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্রে পরিণত হয়। 1995 সালে, তিনি দ্য কিং-এ প্রথমবারের মতো মামুত্তির সাথে সহযোগিতা করেন যেটি সেই সময়ে সর্বাধিক আয় করা মালায়ালাম চলচ্চিত্র ছিল এবং বেশ কয়েকটি কেন্দ্রে 200 দিন সফলভাবে চলে। তার কর্মজীবনের একটি টার্নিং পয়েন্ট, চলচ্চিত্রের সাফল্য তাকে মালয়ালম চলচ্চিত্র শিল্পে সবচেয়ে বাণিজ্যিকভাবে সফল এবং পরিচালকদের মধ্যে একজন করে তোলে। পরের বছর, 1997 সালে শাজি কৈলাস আবার রঞ্জিতের সাথে অসুরভামসাম নামে একটি কম বাজেটের অ্যাকশন চলচ্চিত্রের জন্য যোগ দেন, যেখানে মনোজ কে. জয়ান, সিদ্দিক এবং বিজু মেনন প্রধান ভূমিকায় ছিলেন। এই ফিল্মটি তার লোমহর্ষক সহিংসতার জন্য অনেকের দ্বারা সমালোচিত হয়েছিল। তিনি ছবির অ্যাকশন সিকোয়েন্সের জন্য কিছু সিনেমাটোগ্রাফিও করেছেন। Asuravamsam এছাড়াও একটি গড় আয়ের ছিল. একই বছরে, তিনি আবার রঞ্জিতের সাথে আরম থামবুরান তৈরি করতে যোগ দেন, যা তার চলচ্চিত্র জীবনের একটি টার্নিং পয়েন্ট। এই ছবিতেই তিনি প্রথমবার মোহনলালের সঙ্গে যুক্ত হন। এই ফিল্মটি সেই সময়ে সর্বোচ্চ আয়কারী মালায়ালাম চলচ্চিত্র ছিল এবং থিয়েটারে 250 দিন পূর্ণ করতে সক্ষম হয়েছিল। তারপর আসে দ্য ট্রুথ, 1998 সালে, প্রধান চরিত্রে মামুটি। এটি একটি অনুসন্ধানী থ্রিলার ছিল। 1999 সালে, তিনি এফ.আই.আর পরিচালনা করেন, তার বন্ধু সুরেশ গোপীর সাথে ডেনিস জোসেফের স্ক্রিপ্টে প্রধান অভিনেতা হিসাবে আরেকটি অ্যাকশন ফ্লিক। F. I. R বছরের সেরা উপার্জনকারীদের মধ্যে একজন আবির্ভূত হয়েছে৷

2000 সালে, তিনি দুটি চলচ্চিত্র পরিচালনা করেন। বছরের প্রথম সপ্তাহে মুক্তিপ্রাপ্ত নরসিমহাম, মোহনলালের নেতৃত্বে থান্ডবম এসেছিল, যদিও মালায়ালম সিনেমার ইতিহাসে সবচেয়ে বড় প্রাথমিক টানাপড়েনের মধ্যে একটি, তান্ডবম বক্স অফিসে ব্যর্থ হয়েছিল। তিনি এক বছরের জন্য বিরতি নেন। এই সময়েই, সাজি আবার তামিল ভাষায় জনার সাথে (2004) তার ভাগ্য চেষ্টা করেছিলেন।

2004 সালে শাজি কৈলাস নাটুরাজাভু দিয়ে মালায়ালম ভাষায় প্রত্যাবর্তন করেন। প্রধান ভূমিকায় মোহনলালের সাথে এবং টি. এ. শহিদ দ্বারা চিত্রনাট্য করা, নাটুরাজাভু একটি বাণিজ্যিক সাফল্য ছিল চিন্তামণি কোলাকেসে, একটি সতর্ক অ্যাকশন থ্রিলার যার সাথে সুরেশ গোপী প্রধান ভূমিকায় এবং মোহনলালের সাথে বাবা কল্যাণী মুক্তি পায়। দুটিই বক্স অফিসে হিট হয়েছিল। যাইহোক, দিলীপের সাথে তার প্রথম চলচ্চিত্র, দ্য ডন, 2006 সালে একটি বিশাল ফ্লপ হয়ে যায়। পরবর্তী চলচ্চিত্র, বাবা কল্যাণী, মোহনলাল অভিনীত, বক্স অফিসে একটি মাঝারি হিট ছিল যা প্রেক্ষাগৃহে 75 দিন পূর্ণ করে। কিন্তু পরে সাজি তার ছন্দ খুঁজে পেতে ব্যর্থ হন। 2007 সালে আলিভাই এবং 2008 সালে সাউন্ড অফ বুট মার্ক আপ ছিল না। জানুয়ারী 2010 সালে, শাজি যা মিশ্র পর্যালোচনা পেয়েছে। 2011 এর শুরুতে অতীতের মেগা হিট "1 আগস্ট", 15 আগস্টের সিক্যুয়ালের মাধ্যমে মালায়ালাম শিল্পের মধ্যে তার অবস্থান পুনরুদ্ধার করার প্রচেষ্টা দেখায় যা সমালোচক এবং দর্শকদের কাছ থেকে একইভাবে ব্যাপক নেতিবাচক পর্যালোচনা অর্জন করে এবং অবশেষে শাজি কৈলাসের দ্বারা আরেকটি ফ্লপ হিসাবে ঘোষণা করা হয়। তার পরবর্তী মুভিটি ছিল মমোত্তির সাথে এবং সুরেশ গোপীর নাম ছিল দ্য কিং এবং দ্য কমিশনার দ্য মুভিটি ছিল আগের বছরের পরবর্তী অংশ।

16 অক্টোবর 2019-এ ঘোষণা করা হয়েছিল যে শাজি কৈলাস তার বিরতি থেকে ফিরে আসবেন কাডুভা চরিত্রে পৃথ্বীরাজ সুকুমারন। কাডুভা 7 জুলাই 2022-এ মুক্তি পায়। ফিল্মটি সমালোচকদের কাছ থেকে মিশ্র ইতিবাচক পর্যালোচনা পেয়েছে। ফিল্মটি প্রায় ₹50 কোটি আয় করে এবং ব্যবসায়িক সাফল্য লাভ করে। তিনি পৃথ্বীরাজ সুকুমারন অভিনীত কাপা-এর সাথে আবার ৩য় বারের মতো পরিচালনা করেন। Kaapa সমালোচকদের কাছ থেকে ইতিবাচক মিশ্র পর্যালোচনা পেয়েছে এবং একটি গড় উপার্জনকারী হয়ে উঠেছে। মোহনলাল অভিনীত তাঁর পরবর্তী পরিচালকের প্রকল্প, অ্যালোন, মিশ্র পর্যালোচনার জন্য মুক্তি পায় এবং বক্স-অফিসে ব্যর্থ হয়।