সংবেদনশীল বিষয়ে তার থিম এবং অবস্থানের কারণে ভৈরপ্পা বেশ কিছু বিতর্কের কেন্দ্রবিন্দুতে ছিলেন। লেখক এবং অন্যদের থেকে। ভৈরপ্পা এন.আর. নারায়ণ মূর্তিকে সমর্থন করেছিলেন যখন তিনি একটি গুরুত্বপূর্ণ অনুষ্ঠানে জাতীয় সঙ্গীতের একটি যন্ত্রের সংস্করণ বাজানোর বিতর্ক নিয়ে মিডিয়া এবং জনসাধারণের দ্বারা সমালোচিত হন। তিনি কাবেরী ইস্যুতে এন আর নারায়ণ মূর্তিকে সমর্থন করে বলেছেন যে দাঙ্গা এবং বিক্ষোভ সমস্যার সমাধান করতে যাচ্ছে না। 18 শতকের মহীশূর শাসক টিপু সুলতানের ধর্মীয় সহনশীলতা নিয়ে বিজয়া কর্ণাটক প্রকাশনায় গিরিশ কার্নাডের সাথে ভৈরপ্পার বিতর্ক হয়েছিল। ভৈরপ্পার উপন্যাস আভারানায়, তিনি টিপু সুলতানকে একজন ধর্মীয় গোঁড়া বলে অভিযুক্ত করেন যিনি হিন্দুদের তার আদালতে দাঁড়াতে পারেননি। ভৈরপ্পা টিপু সুলতানের শাসনামলে ভারতে লেখা বেশ কিছু ঐতিহাসিক সূত্রের ভিত্তিতে যুক্তি প্রমাণ করেছিলেন। ভৈরপ্পা যে বিষয়গুলি উত্থাপন করেছিলেন তার মধ্যে একটি হল আধুনিক সময়েও কর্ণাটক সরকারের নথিতে ফার্সি শব্দ বিন (যা একজন ব্যক্তিকে "সন্তান" হিসাবে উল্লেখ করতে ব্যবহৃত হয়) ব্যবহার। এই প্রথাটি টিপু সুলতানের শাসনামলে শুরু হয়েছিল, যা ভৈরপ্পার মতে হিন্দুদের উপর ইসলামি শাসন জারি করার জন্য ব্যবহৃত কয়েকটি পদ্ধতির মধ্যে একটি। বইটিতে হিন্দুদের ইসলামে ধর্মান্তরিত করার জন্য টিপু সুলতানের ব্যবহৃত অন্যান্য পদ্ধতির আলোচনা করা হয়েছে। ভৈরপ্পা ঐতিহাসিক রেফারেন্স সহ তার দাবি সমর্থন করেন। এর সমালোচনা করেছিলেন গিরিশ কারনাড, যিনি তার নাটকে টিপু সুলতানকে একজন ধর্মনিরপেক্ষ শাসক হিসেবে চিত্রিত করেছেন। ভৈরপ্পা তার নাটকে টিপু সুলতানের ভুল বিবরণ দেওয়ার জন্য কর্নাডকে অভিযুক্ত করেছিলেন।

ইউ.আর. অনন্তমূর্তি ভৈরপ্পার উপন্যাসের একজন বিশিষ্ট সমালোচক ছিলেন। ভৈরপ্পা ভিট্টিতে অনন্তমূর্তির সাথে তার বিতর্কের নথিভুক্ত করেছেন, সেইসাথে তার বই নানেকে বার্যুত্তেনে কয়েকটি প্রবন্ধে। ভৈরপ্পার সাম্প্রতিক উপন্যাস আভারানা প্রাচীন ভারতীয় সামাজিক ও সাংস্কৃতিক জীবনে ইসলামী শাসন কী করেছিল সে সম্পর্কে ঐতিহাসিক তথ্য তুলে ধরে। এটি একটি বড় বিতর্কের সৃষ্টি করেছে। ভৈরপ্পাকে হিন্দু মৌলবাদী বলে অভিযোগ করা হয়েছে যারা ইতিহাসের ভিত্তিতে সমাজকে বিভক্ত করতে চায়, এমন একটি অভিযোগ যা ভৈরপ্পা প্রত্যাশিত ছিল এবং উল্লেখযোগ্য সূত্রের উল্লেখ করে খণ্ডন করার চেষ্টা করেছিল। অনন্তমূর্তি ভৈরপ্পা এবং তার কাজের সমালোচনা করেছিলেন, আভারানাকে "বিপজ্জনক" বলে অভিহিত করেছিলেন। অনন্তমূর্তি ভৈরপ্পাকে একজন গল্পকারের চেয়ে বেশি বিতর্ককারী হিসেবে অভিযুক্ত করেছেন। "তিনি জানেন না হিন্দু ধর্মের অর্থ কী" এবং "উপন্যাস কীভাবে লিখতে হয় তা জানেন না"। যাইহোক, ভৈরপ্পা দাবি করেন যে উপন্যাসটি তার সত্য অনুসন্ধানের ফলাফল এবং উপন্যাসটির পিছনে কোন উলটো উদ্দেশ্য ছিল না। তিনি সমালোচকদের এ বিষয়ে কোনো সিদ্ধান্তে পৌঁছানোর আগে উপন্যাসে উল্লেখিত রেফারেন্স বইগুলো অধ্যয়নের আহ্বান জানান।