মৃণালিনী দেবী ব্রিটিশ ভারতের তৎকালীন বেঙ্গল প্রেসিডেন্সির যশোরের ফুলতলা গ্রামে (বর্তমানে খুলনা, বাংলাদেশ) বেণীমাধব রায় চৌধুরী এবং দক্ষিণায়নীর ঘরে জন্মগ্রহণ করেন। তাঁর সঠিক জন্ম তারিখ জানা যায় না। একজন জীবনীকারের মতে, তাঁর জন্ম ১৮৭৪ সালের ১ মার্চ। অন্য একজনের মতে, তাঁর জন্ম ১৮৭২ সালে। বিয়ের আগে মৃণালিনী দেবী ভবতারিণী নামে পরিচিত ছিলেন। তবে, এটি তাঁর আনুষ্ঠানিক নাম নাকি ডাকনাম ছিল তা অজানা। তিনি স্থানীয় গ্রামের স্কুলে প্রথম শ্রেণী পর্যন্ত পড়াশোনা করেছিলেন। তাঁর বাবা ঠাকুর এস্টেটে কাজ করতেন।