ফজলে করিম চৌধুরী ৬ নভেম্বর ১৯৫৪ সালে চট্টগ্রামের রাউজানের গহিরার বক্স আলী চৌধুরী বাড়ীতে জন্মগ্রহণ করেন। তার পিতা ফজলুল কবির চৌধুরী ছিলেন পূর্ব পাকিস্তান প্রাদেশিক পরিষদের বিরোধীদলীয় নেতা, প্রাদেশিক আইন পরিষদের চেয়ারম্যান এবং বাংলাদেশের সংসদ সদস্য। মাতা সাজেদা কবির চৌধুরী।

ফজলে করিম চৌধুরী ১৯৯০ সালে সাবেক মন্ত্রী ও আইনজীবী এ আর ইউসুফের মেয়ে আইনজীবী রিজওয়ানা ইউসুফকে (বি. ১৯৯০; বিচ্ছেদ. ২০০২) বিয়ে করেন। এই দম্পতীর ২ ছেলে ফারাজ করিম চৌধুরী ও ফারহান করিম চৌধুরী।

তার চাচা ছিলেন ফজলুল কাদের চৌধুরী। চাচাতো ভাই এবং বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দলের রাজনীতিবিদ সালাউদ্দিন কাদের চৌধুরী এবং গিয়াসউদ্দিন কাদের চৌধুরী চট্টগ্রামে ফজলে করিমের প্রধান রাজনৈতিক প্রতিপক্ষ ছিলেন।

এ.বি.এম.ফজলে করিম চৌধুরী চট্টগ্রাম উত্তর জেলা আওয়ামী লীগের সভাপতি।

তিনি ১২ জুন ১৯৯৬ সালের সপ্তম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের প্রার্থী হিসেবে চট্টগ্রাম-৬ আসন থেকে বিএনপির প্রার্থী চাচাতো ভাই গিয়াসউদ্দিন কাদের চৌধুরীর কাছে পরাজিত হয়েছিলেন।

২০০১ সালের অষ্টম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে চট্টগ্রাম-৬ আসন থেকে বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের প্রার্থী হিসেবে বিএনপির প্রার্থী চাচাতো ভাই গিয়াসউদ্দিন কাদের চৌধুরীকে পরাজিত করে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন।

২০১৪ সালের দশম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে চট্টগ্রাম-৬ আসন থেকে বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের প্রার্থী হিসেবে বিনা প্রতিদ্বন্দ্বিতায় সংসদ সদস্য মনোনীত হন। দশম জাতীয় সংসদে তিনি গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের রেলপথ মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সভাপতি ছিলেন।

২০১৮ সালের একাদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে চট্টগ্রাম-৬ আসন থেকে বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের প্রার্থী হিসেবে সংসদ সদস্য মনোনীত হয়ে তিনি পুনরায় গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের রেলপথ মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সভাপতি ও পার্বত্য চট্টগ্রামের সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সদস্য মনোনীত হন।