বাগেরহাট-৩ আসনের সংসদ সদস্য তালুকদার আব্দুল খালেক খুলনার মেয়র পদে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করার জন্য ২০১৮ সালের এপ্রিলে সংসদ থেকে পদত্যাগ করলে, শাকিল স্বতন্ত্র প্রার্থী হিসেবে উপনির্বাচনে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করার কথা বিবেচনা করেন। তবে শাকিল প্রতিদ্বন্দ্বীতা ছেড়ে দিলে খালেকের স্ত্রী হাবিবুন নাহার বিনা প্রতিদ্বন্দ্বিতায় নির্বাচিত হন।

শাকিল ডিসেম্বর ২০১৮ সালের সাধারণ নির্বাচনে আসনটির জন্য আওয়ামী লীগের মনোনয়ন চান, কিন্তু দলটি ক্ষমতাসীন প্রার্থীকেই মনোনয়ন দেয়।