সালমান খান ১৯৬৫ সালের ২৭ ডিসেম্বর ভারতের মধ্য প্রদেশের ইন্দোরে জন্মগ্রহণ করেন। তিনি চিত্রনাট্যকার সেলিম খান এবং তার প্রথম স্ত্রী সুশীলা চরকের (পরে সালমা খান নাম ধারণ করেন) এর জ্যেষ্ঠ পুত্র। সালমানের বাবা সেলিম খান একজন অভিনেতা এবং চিত্রনাট্যকার হিসেবে পরিচিত হলেও একসময় পুলিশ অফিসার ছিলেন। সেলিম ১৯৬৪ সালে সুশীলাকে বিয়ে করেন। পরের বছর সালমানের জন্ম হয়। জন্মের সময় তার নাম রাখা হয়েছিল আবদুর রশিদ সেলিম সালমান খান। তার পৈতৃক পূর্বপুরুষরা ছিলেন বর্তমান পাকিস্তানের সোয়াত উপত্যকার আলাকোজাই পশতুন, যারা ১৮০০-এর দশকের মাঝামাঝি সময়ে মধ্যপ্রদেশের ইন্দোরে চলে আসেন। তার দাদা, আব্দুল রশিদ খান ছিলেন ইন্দোর রাজ্যের ডেপুটি ইন্সপেক্টর জেনারেল, যিনি হোলকার আমলে দিলার জং পুরস্কার অর্জন করেছিলেন। সালমানের মা একজন মহারাষ্ট্রীয়, তার বাবা বলদেব সিং চরক জম্মু ও কাশ্মীরের একজন দুগরা। ছিলেন একজন রাজপুত এবং মা ছিলেন একজন মহারাষ্ট্রীয়। সেলিম-সুশীলা দম্পতির বাকি চার সন্তান হলেন দুই ছেলে, অভিনেতা ও প্রযোজক আরবাজ খান এবং সোহেল খান এবং এক মেয়ে, প্রযোজক ও কস্টিউম ডিজাইনার আলভিরা খান অগ্নিহোত্রী, যিনি অভিনেতা ও পরিচালক অতুল। অগ্নিহোত্রীকে বিয়ে করেন। ১৯৮১ সালে সেলিম খান দ্বিতীয়বার বিয়ে করেন। তার দ্বিতীয় স্ত্রী হলেন বলিউড অভিনেত্রী হেলেন। বিয়ের পর মেয়ে অর্পিতা খানকে দত্তক নেন সেলিম-হেলেন দম্পতি।