২০০৬ সালের জুলাইয়ে, একদল জনতা চৌধুরিকে ট্যাবলয়েডের চত্বরে হামলা করে এবং তাকে পিটিযয়ে আহত করে। সেপ্টেম্বরে একজন বিচারক মামলা পরিচালনার বিষয়ে সরকারের অনীহা সত্ত্বেও এই মামলা চালিয়ে যাওয়ার নির্দেশ দিয়েছিলেন, কারণ চৌধুরী ইহুদি, হিন্দু ও খ্রিস্টানদের প্রশংসা করে "বাংলাদেশের ভাবমূর্তি" নষ্ট করেছিলেন এবং "মুসলমানদের অনুভূতিতে আঘাত করেছিলেন"। জুলাইয়ের বোমা হামলার ঘটনাটি নিখোঁজ হওয়ার পর থেকে যে পুলিশ উইকেট ব্লিটসের অফিসগুলিতে পোস্ট করা হয়েছিল, তার পরে অফিসগুলিকে লুণ্ঠন করা হয়েছিল এবং একটি জনতার দ্বারা চৌধুরীকে মারধর করা হয়েছিল। তিনি যখন পুলিশের কাছে আনুষ্ঠানিক অভিযোগ দায়ের করেন, তার জন্য গ্রেপ্তারি পরোয়ানা জারি করা হয়েছিল। মার্কিন দূতাবাস ঢাকা তার বিচারের একটি পর্যবেক্ষক পাঠিয়েছে।

পরে চৌধুরী চৌধুরী হামলাকারীদের বিরুদ্ধে মহানগর হাকিম আদালতে মামলা করেন, যারা বেশিরভাগ বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দলের (বিএনপির) সাংস্কৃতিক শাখার অন্তর্ভুক্ত।

২০০৮ সালের ১৮ ই মার্চ, র‌্যাপিড অ্যাকশন ব্যাটালিয়নের (র‌্যাব) সদস্যরা বন্দুকের পয়েন্টে চৌধুরীকে তার অফিস থেকে অপহরণ করে। তাকে চোখ বেঁধে র‌্যাব অফিসে নিয়ে যাওয়া হয়। দেরিতে তাকে মুক্তি দেওয়া হয়। এই ঘটনায় সামরিক নিয়ন্ত্রিত অন্তর্বর্তীকালীন সরকারের কাছে ধারাবাহিক লিখিত অভিযোগ পাঠানো হয়েছিল, কিন্তু র‌্যাব সদস্যদের বিরুদ্ধে বাংলাদেশ কর্তৃপক্ষের পক্ষ থেকে কোন পদক্ষেপ নেওয়া হয়নি।

একই মাসে, সামরিক-নিয়ন্ত্রিত অন্তর্বর্তীকালীন সরকার চৌধুরির বাসভবন থেকে পুলিশের নিরাপত্তা প্রত্যাহার করে।

২০০২ সালের ২২ ফেব্রুয়ারি, ক্ষমতাসীন বাংলাদেশ আওয়ামীলীগের বলে দাবি করা সশস্ত্র একটি দল চৌধুরীর কার্যালয়ে প্রবেশ করে, পুরো অফিসকে লুণ্ঠন করে এবং তাকে এবং সাপ্তাহিক ব্লিটজ পত্রিকার অন্যান্য সদস্যদের উপর শারীরিকভাবে লাঞ্ছিত করে।

২০০৪ সালের জানুয়ারী থেকে তেল আবিবে হিব্রু রাইটার্স অ্যাসোসিয়েশনের একটি সম্মেলনে অংশ নেওয়ার চেষ্টা করার কারণে চৌধুরীকে রাষ্ট্রদ্রোহ, দেশদ্রোহিতা, নিন্দা ও গুপ্তচরবৃত্তির অভিযোগের মুখোমুখি করা হয়। তিনি ২০০৫ সালের নভেম্বরে ইস্রায়েলে ভ্রমণের চেষ্টা করে পাসপোর্ট আইন লঙ্ঘন করেছিলেন। এই আইনে নাগরিকদের যেসব দেশ নিয়ে কূটনৈতিক সম্পর্ক বজায় থাকে না, সেখানে সাধারণত ৮ ডলার জরিমানার মাধ্যমে দণ্ডনীয় দেশগুলির ভ্রমণ করতে নিষেধ করা হয়। এখানে উল্লেখ করা যেতে পারে যে, বর্তমানে বর্তমানে তাইওয়ান ও ইস্রায়েলের সাথে বাংলাদেশের কূটনৈতিক সম্পর্ক নেই। তবে, ভ্রমণ নিষেধাজ্ঞা সত্ত্বেও লোকজন তাইওয়ানের সাথে ব্যবসা শুরু করার সময় তাইওয়ানের ভ্রমণ নিষেধাজ্ঞাকে নীরবে তুলে নেওয়া হয়েছিল। ২০০৫ সালের ২৯ নভেম্বর তাকে পুলিশ হেফাজতে নেওয়া হয়েছিল এবং তিনি যেমনটি বলেছিলেন যে, তিনি ইস্রায়েলের জন্য গুপ্তচরবৃত্তি করছেন বলে স্বীকারোক্তি আদায়ের প্রয়াসে ১০ দিন ধরে চোখ বেঁধে রাখা হয়েছে। তাকে পিটিয়ে এবং জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়েছিল। পরের ১ মাস তিনি নির্জন কারাগারে কাটিয়েছিলেন এবং তাকে গ্লুকোমার জন্য চিকিৎসা করা থেকে বঞ্চিত করা হয়েছিল। মার্কিন কংগ্রেস সদস্য মার্ক কির্ক -এর হস্তক্ষেপে, যিনি মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে বাংলাদেশের রাষ্ট্রদূতের সাথে কথা বলেছিলেন। পরে চৌধুরীকে জামিনে মুক্তি দেওয়া হয়।

চৌধুরী ইংরেজি পত্রিকা ব্লিটজ -এর সম্পাদক এবং বাংলা সাপ্তাহিক জামজামতের সম্পাদক-প্রধান।

তার নিবন্ধগুলি নিয়মিতভাবে বিভিন্ন আন্তর্জাতিক প্রেসে প্রকাশিত হয়। তিনি ইসলামপন্থী জঙ্গিবাদের মতো বিষয়গুলির বিশেষজ্ঞ হিসাবেও বিবেচিত হন এবং জিহাদের মূল কারণ অনুসন্ধানে ব্যাপকভাবে কাজ করেন। বিশ্বজুড়ে বহু নামীদামী প্রতিষ্ঠান তাকে ইসলামী জঙ্গিবাদ, জিহাদ, বিদ্বেষমূলক বক্তব্য এবং রাজনৈতিক ইসলামের মতো বক্তৃতা দেওয়ার জন্য স্পিকার হিসাবে আমন্ত্রিত করে।

চৌধুরী গের্ট ওয়াইল্ডারের এই উক্তিটিকে প্রত্যাখ্যান করেছেন যে মধ্যপন্থী মুসলমানরা রয়েছে, তবে মধ্যপন্থী ইসলাম নেই। "আমার ইসলাম কোরান থেকে উদ্ভূত হয়েছে। এটি শেখায় যে মুসলিম, ইহুদি এবং খ্রিস্টানরা সকলেই ভাল কাজের জন্য পুরস্কৃত হবে এবং মন্দ কাজের জন্য শাস্তি পাবে," বলে তিনি মন্তব্য করেন।

২০০৩ সালের ২৯ নভেম্বর চৌধুরীকে ঢাকা বিমানবন্দরে গ্রেপ্তার করা হয় যখন তাকে "সংখ্যালঘু দমন ও আল-কায়েদার নেটওয়ার্ক সহ সংবেদনশীল ইস্যুতে বাংলাদেশের" সম্পর্কিত তথ্য সংবলিত ডিস্ক এবং কাগজপত্র বহন করতে দেখা যায়। ইস্রায়েলি গোপনীয়তা মোসাদের সাথে তার যোগাযোগের সন্দেহের ভিত্তিতে কিছু সময় তার গতিবিধি পর্যবেক্ষণ করা হয়েছিল।

১৭ মাসের কারাদণ্ড থেকে মুক্তি পাওয়ার পরে, একটি ইস্রায়েলি পত্রিকায় চৌধুরী লিখেছিলেন, "আমি সম্ভবত একটি জীবন্ত বৈপরীত্য হিসাবে আপনার সামনে দাঁড়িয়েছি: একটি জায়নবাদী, ইস্রায়েলের রক্ষাকারী, এবং একজন ধর্মপ্রাণ, একজন মোসলেম দেশে বসবাসরত মুসলিম অনুশীলনকারী ... আমি সিয়োনবাদী স্বপ্নের ন্যায়বিচারে বিশ্বাস করি।আমি এই ঐতিহাসিক বাস্তবতাকেও স্বীকার করি: যে বিশ্ব সেই স্বপ্নকে পরাস্ত করার চেষ্টা করেছে এবং হ্যাঁ, এমনকি ইহুদি জনগণের বাস্তবিকতাও নষ্ট করে দিয়েছে। একই সাথে আমি এমন পরিবেশে বাস করি যেখানে লোকেরা ঠিক বিরোধী দৃষ্টিভঙ্গিতে আবেগপূর্ণভাবে বিশ্বাস করে — যিনি ইস্রায়েলকে অবৈধ হিসাবে দেখেন এবং ইহুদি জনগণকে মন্দ অবতার হিসাবে দেখায়।

২০০৩ সালের ২৯ শে মার্চ চৌদ্দুরীর বাবা গোলাম অথের চৌধুরী মারা গিয়েছিলেন, তার মা শরীফা চৌধুরী ৯ ই আগস্ট ২০০৫ এ মারা গিয়েছিলেন। তার মা মারা যাওয়ার পরে তিনি কারাগারে ছিলেন। বাংলাদেশের তৎকালীন সরকার তার মায়ের জানাজায় অংশ নেওয়ার জন্য তার পরিবারের দ্বারা করা একটি আবেদন প্রত্যাখ্যান করেছিল।