তার অনুমোদনেই জঙ্গি কার্যকলাপের রাশ টানতে পঞ্জাবে এক বিস্তীর্ণ পুলিশী ও সামরিক অভিযান চালানো হয়। পাঞ্জাব রাজ্যে এক সামরিক আইন জারির মতো অবস্থা চলছিলো যার ফলে অসামরিক মুক্ত জীবনযাপন, ব্যবসা-বাণিজ্য ও পর্যটন শিল্প বিশেষ ভাবে বিঘ্নিত হচ্ছিলো। সেই সময় এখানে পুলিশ অধিকর্তা ও জঙ্গি উভয়ের দ্বারাই মানবাধিকার লঙ্ঘনের বহু অভিযোগ দায়ের হয়েছিল। এরকম অভিযোগ ও করা হয় যে, যখন পঞ্জাবের পরিস্থিতি আয়ত্তের মধ্যে তখন ভারত সরকার শ্রীলঙ্কা সরকারের সঙ্গে যুদ্ধরত LTTE বিদ্রোহীদের অস্ত্র ও প্রশিক্ষণ দিয়ে সহায়তা করেছে। ১৯৮৭ সালের ২৯শে জুলাই কলম্বোতে রাজীব গান্ধী ও শ্রীলঙ্কা রাষ্ট্রপতি জে আর জয়ার্ধনের মধ্যে ইন্দো-শ্রীলঙ্কা পীস একর্ড স্বাক্ষরিত হয়। তার পর দিনই, ৩০শে জুলাই ১৯৮৭ সালে রাজীব গান্ধী যখন গার্ড অফ অনার নিচ্ছিলেন তখন ভিজয়ামুনিগে রোহন দি সিলভা নামে একজন নবীন সিহ্নলী নৌ-সেনা সদস্য রাইফেলের কুদো দিয়ে তার মাথায় আঘাত করে। আঘাতটি রাজীব গান্ধীর মাথার পিছনে করার উদ্দেশ্যে করা হয়ে থাকলেও তা তার কাঁধে লাগে। "রাজীব একটু লাফিয়ে উঠেছিলেন এবং তাঁর সামান্য ভারসাম্য হারিয়ে ছিল" এই বলে লজ্জিত শ্রীলঙ্কা রাষ্ট্রপতি, জুনিয়াস রিচার্ড জয়েবার্দেনে প্রথমিক ভাবে এই অদ্ভুত ঘটনাটিকে পাস কাটাতে চয়েছিলেন, রাজীব গান্ধী নতুন দিল্লিতে ফেরার পথে জে এন দীক্ষিত কে বলেছিলে "নিশ্চিত রূপে আমার আঘাত লেগেছিলো"। নৌ-সেনা সদস্য রোহন সেই সময় ভারতের সাম্রাজ্যবাদিতার বিরুদ্ধে সিন্ঘলীদের কাছে জাতীয়তাবাদের এক প্রতিভূ হয়ে উঠেছিলো। শ্রীলঙ্কা সরকার ও LTTE বিদ্রোহীদের মধ্যে মধ্যস্থতাকারীর প্রচেষ্টাটি যখন প্রত্যাঘাত করে তখন রাজীব গান্ধীর সরকারও এই কাজের জন্য বড়ো একটি ধাক্কা খায়।

ভারত ও মার্কিন কংগ্রেসের যুগ্ম-সভায় তার বক্তৃতা সকলকে বিমুগ্ধ করেছিল, যখন তিনি বলেন, "ভারত বর্ষ একটি প্রবীন দেশ কিন্তু নবীন জাতি এবং সর্বস্থানের নবীনদের মতই আমরাও অধৈর্য্য। আমি নিজেও নবীন এবং আমার নিজেরও স্বপ্ন আছে। আমি, সম্মুখ সারির সম্মুখে প্রতিষ্ঠিত, মানুষের সেবায় নিযুক্ত, মহান দেশগুলির মধ্যে এক স্বাধীন, শক্তিশালি, স্বনির্ভর ভারত বর্ষের স্বপ্ন দেখি"।

১৯৮০ সালের শেষ দিকে, গান্ধীর মন্ত্রিসভা মার্কিন ডলারের তুলনায় ১২ থেক ১৭ এ থাকা ভারতীয় রূপি মূল্য হ্রাস ৩০ শতাংশের কমে নামাতে অসমর্থ হয়েছিল।

গান্ধীর অর্থমন্ত্রী, বিশ্বনাথ প্রতাপ সিংহ সরকারী ক্ষেত্রে ও দুর্নীতিপরায়ণ রাজনীতিকদের সন্দেহজনক বিবরণ উন্মোচিত করে দেওয়ায় কংগ্রেস নেতারা আতঙ্কিত হয়ে পড়েছিলেন৷ প্রতিরক্ষা মন্ত্রকে স্থানানতরিত হবার পর সিংহ যা প্রকাশ করেন তা 'বোফর্স কেলেংকারী' নামে, অত্তাভিও কুয়াত্রচি, গান্ধী পরিবারে ঘনিষ্ট একজন ইতালীয় ব্যাবসায়ীয়ের মাধ্যমে সুইডেনের বোফর্স কোম্পানির এক লক্ষ-কোটি মার্কিন ডলার ঘুষের বিনিময় ভারতের কাছ থেকে বরাত পাওয়ার, এক কুখ্যাত ঘটনা। এই ঘটনা প্রকাশ্যে আনার জন্য, সিংহ কে মন্ত্রিত্য থেকে বরখাস্ত করা হয় এবং পরে কংগ্রেস থেকেও বহিস্কার করা হয়। পরে দ্য হিন্দু সংবাদ পত্রের নর্সিম্হান রাম ও চিত্রা সুব্রামানিয়াম যখন এই ব্যাপারে অনুসন্ধান জারি রাখেন তখন রাজীব গান্ধী নিজেও ব্যক্তিগত ভাবে এতে জড়িয়ে পড়েছিলেন৷ এই ঘটনা তার 'দুর্নীতি মুক্ত রাজনীতিক'-এর ভাবমূর্তি কে ছিন্ন-ভিন্ন করে দিয়ে ছিল। কিন্তু পরে ২০০৪ সালে তার মৃত্যুর পর তার নির্দোশিতা প্রমাণিত হয়।

সরকারী দুর্নীতি প্রকাশ্যে আনার জন্য সিংহ-এর জনসাধারণের কাছে জনপ্রিয়তা খুব বৃদ্ধি পায় এবং বিরোধী দলগুলি তার অধীনে জনতা দল নামে একটি জোট তৈরি করে। ১৯৮৯ সালের নির্বাচনে কংগ্রেস একটি বিরাট ধাক্কা খায়। ভারতীয় কমিউনিস্টদের এবং ভারতীয় জনতা পার্টির সমর্থনে সিংহ এবং তার জনতা দল সরকার গঠন করে। গান্ধী কংগ্রেস সভাপতি থাকলেন এবং বিরোধী দলনেতা মনোনীত হলেন। অনেকে একথা বিশ্বাস করেন যে রাজীব এবং কংগ্রেস নেতৃবৃন্দ ১৯৯০ এর অক্টোবর মাসে জনতা দলের উচ্চ পদাধিকারী নেতা চন্দ্র শেখরকে, জোটের অন্তর্নিহিত, যথেষ্ট, বিশেষত 'সংরক্ষণ'-এর বিষয় মতানৈক্যের কারণে ভি. পি. সিংহের সরকারের পতনের কারণ হবেন বলে প্রতিশ্রুতি দেন। চন্দ্র শেখর কে রাজিবের কংগ্রেস, সরকারের বাইরে থেকে সমর্থন জানানোয় তিনি প্রধানমন্ত্রী মনোনীত হন। যাইহোক, তারা ১৯৯১ তে তাদের সমর্থন ফিরিয়ে নেয় এবং পুনরায় নির্বাচন ঘোষিত হয়।