২০০১-০২ সালে অভিষেকের পর, তিনি ২০০৬-০৭ মৌসুমের শেষ পর্যন্ত ঢাকা বিভাগের হয়ে খেলেছেন, ২০০৪-০৫ সালে বরিশাল বিভাগের হয়ে একটি মৌসুম খেলেছেন। ২০০৫-০৬ এবং ২০০৬-০৭ সালে তিনি বাংলাদেশ এ দলের প্রতিনিধিত্ব করেন। প্রথম শ্রেণীর ক্রিকেটে তিনি নিয়মিত মুখ ছিলেন , যেখানে তিনি ১১২ ম্যাচে ২৯.০২ গড়ে ৩৯২ উইকেট শিকার করেন। প্রথম-শ্রেণীর ক্রিকেটে তিনি তিনটি পাঁচ উইকেট শিকার করেছেন, চট্টগ্রাম বিভাগের বিপক্ষে এক ইনিংসে ৯-১০৫ রানের সর্বোচ্চ রান, সেই ম্যাচে তিনি ১০ উইকেটও নিয়েছিলেন। তিনি তিনটি প্রথম-শ্রেণীর অর্ধশতকও করেছেন, চট্টগ্রাম বিভাগের বিপক্ষে সর্বোচ্চ ৮৫ রানের ইনিংস সহ।

৯ মার্চ ২০০৮ তারিখে, দক্ষিণ আফ্রিকার বিপক্ষে একদিনের আন্তর্জাতিক (ওডিআই) ম্যাচে তার অভিষেক হয় । ১ অক্টোবর ২০১৬ তারিখে, আফগানিস্তানের বিপক্ষে , ২০০৮ সালে দক্ষিণ আফ্রিকার বিপক্ষে অভিষেকের পর প্রায় আট বছরের ব্যবধানে তিনি তার দ্বিতীয় একদিনের আন্তর্জাতিক ম্যাচ খেলে জাতীয় দলে ফিরে আসেন। ২০১৮ সালের অক্টোবরে, ২০১৮-১৯ বাংলাদেশ প্রিমিয়ার লিগের ড্রাফটের পর তাকে কুমিল্লা ভিক্টোরিয়ান্স দলের দলে অন্তর্ভুক্ত করা হয় ।

২০১৯ সালের মার্চে, মোশাররফ হোসেনের মস্তিষ্কে টিউমার ধরা পড়ে। পরবর্তীকালে তিনি সিঙ্গাপুরের মাউন্ট এলিজাবেথ হাসপাতালে মস্তিষ্কে অস্ত্রোপচার করান ও ক্রিকেটে ফিরে আসেন। ২০২১ সালের নভেম্বরে, তিনি চেন্নাইয়ের একটি হাসপাতালে তার মস্তিষ্কে আরেকটি অস্ত্রোপচার করান। মোশাররফ হোসেন নিয়মিত কেমোথেরাপি নিচ্ছিলেন, কিন্তু ২০২২ সালে হঠাৎ করে তার স্বাস্থ্যের অবনতি হলে তাকে ঢাকার ইউনাইটেড হাসপাতালের নিবিড় ইউনিটে (আইসিইউ) ভর্তি করানো হয়। ২০২২ সালের ১৫ মার্চ তিনি স্কয়ার হাসপাতালের আইসিইউতে ভর্তি ছিলেন। ২০২২ সালের ১৯ এপ্রিল ব্রেন টিউমারে আক্রান্ত হয়ে তিনি মৃত্যুবরণ করেন।