১১ জানুয়ারী ২০০৭-এ দেশে জরুরি অবস্থা ঘোষণার পিছনে মঈন ছিলেন মূল শক্তি যা ব্যাপকভাবে ১/১১ ঘটনা হিসাবে পরিচিত। তিনি তার শাসনামলে লেফটেন্যান্ট জেনারেল থেকে জেনারেল পদে উন্নীত করেন যখন কোনো নিয়মিত সরকার ছিল না; তত্ত্বাবধায়ক সরকারকে রুটিন ওয়ার্ক এবং সংসদ নির্বাচন পরিচালনা ছাড়া অন্য কাজ করার বাধ্যবাধকতা ছিল না। তিনি তার সেনাপ্রধানের এক বছরের মেয়াদও বাড়ান, যা নির্দিষ্ট সময়ের জন্য নির্ধারিত হয়। তার বিরুদ্ধে বাংলাদেশের তত্ত্বাবধায়ক সরকারকে সংবিধানে তিন মাস মেয়াদ নির্ধারণের পর ক্ষমতা ধরে রাখতে সহায়তা করে বিতর্কিত ভূমিকা পালনের অভিযোগ রয়েছে। তিনি অনির্বাচিত সরকারের পিছনে প্রধান চালিকা শক্তি হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছে কিন্তু ২৯ ডিসেম্বর ২০০৮ এর আগে ভোটার আইডি কার্ডের ব্যবস্থা করার জন্যও তিনি প্রশংসিত হয়েছেন। তিনি এবং সরকারের বিরুদ্ধে দেশকে অ-রাজনীতিকরণের জন্য দেশীয় এবং বিশ্বব্যাপী অভিযুক্ত করা হয়েছে। দু'জন প্রাক্তন প্রধানমন্ত্রী, মন্ত্রী, আইন প্রণেতা এবং স্থানীয় সরকার প্রধান সহ শত শত রাজনৈতিক ব্যক্তিত্বকে দুর্নীতির অভিযোগে কারাগারে বন্দী করা হয়েছে। যদিও এই পরিসংখ্যানগুলির মধ্যে কিছু কুখ্যাতভাবে দুর্নীতিগ্রস্ত ছিল, তাদের বেশিরভাগের বিরুদ্ধে তাদের কোনো সুনির্দিষ্ট অভিযোগ নেই। সরকারের দুর্নীতিবিরোধী অভিযান বিশ্বজুড়ে ব্যাপকভাবে প্রশংসিত ও সমালোচিত হয়েছে। তার রাজনৈতিক বক্তব্যের প্রতিক্রিয়ায় শেখ হাসিনা বলেন, রাজনীতি করার উচ্চাকাঙ্ক্ষা থাকলে ইউনিফর্ম ছাড়াই আসুন।

যাইহোক, জেনারেল মঈন তার শাসনামলে অসংখ্য বিতর্ক সৃষ্টি করেছিলেন। কিছু মহল তাকে সেনাবাহিনীর খ্যাতি বাড়ানোর দায়িত্বে থাকাকালীন তার মানহানি করার জন্য দায়ী করে। যদিও তিনি একজন মধ্যপন্থী অফিসার হিসাবে পরিচিত ছিলেন, তার চূড়ান্ত ভূমিকা তাকে বিপরীতের চেয়ে বেশি বদনাম অর্জন করেছিল। সেনাবাহিনীর অতিরিক্ত-সামরিক ভূমিকা যা তিনি দুই বছর ধরে সভাপতিত্ব করেছিলেন তা সামরিক বাহিনীর জন্য অনেক তাত্ক্ষণিক সমস্যা সৃষ্টি করেছিল। দেশের সীমান্তরক্ষীদের হাতে ৫৭ জন সামরিক কর্মকর্তাকে হত্যার ঘটনা সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য। জেনারেল মঈন বলতে শুনেছেন যে এত বেশি অফিসারের মর্মান্তিক হত্যাকাণ্ড তাকে আত্মহত্যার চিন্তায় নিয়ে যায়। বিদ্রোহীরা তাদের অভিযোগ শনাক্ত করেছে যে দোকান-রক্ষকের ভূমিকার ফলে তাদের কাজ করতে বলা হয়েছিল। এটি তাদের সৈনিকদের অহংকারকে বাধা দেয়। রাষ্ট্র পরিচালনার বিষয়ে দূরদর্শিতার অভাব তাকে এমন পদ্ধতি বেছে নিতে প্ররোচিত করেছিল যা অত্যন্ত শিশু ছিল

জেনারেল মঈন তার শাসনের জন্য সমর্থন নিশ্চিত করার জন্য রাজনৈতিক নেতাদের সাথে চুক্তি করার চেষ্টা করেছিলেন। সাবেক রাষ্ট্রপতি হুসেইন মুহম্মদ এরশাদ যিনি শেখ হাসিনার শাসনামলে এবং খালেদ জিয়ার শাসনামলে সাধারণভাবে অস্বস্তিতে ছিলেন, এই সময়ে দুই জেনারেলের মধ্যে একটি চুক্তির ইঙ্গিত দিয়ে স্বস্তিতে ছিলেন। 'মাইনাস টু ফর্মুলা' বাস্তবায়নে মঈন সাবেক প্রধানমন্ত্রী বেগম খালেদ জিয়া এবং শেখ হাসিনার রাজনৈতিক ক্যারিয়ারের অবসান ঘটাতে জেনারেল মঈনের একটি জনপ্রিয় নাম। একজন চাকুরীজীবী জেনারেলের রাজনীতিতে এই ধরনের প্রেসক্রিপশন তার পেশাগত অধিকারের বাইরে এবং এইভাবে অন্যান্য সেনাবাহিনীর মতো বাংলাদেশ সেনাবাহিনীতেও শাস্তিযোগ্য। জেনারেল মঈন অবশ্য স্বাচ্ছন্দ্যের সাথে ক্ষমতা দখল করতে পারেন কারণ তিনি চতুরতার সাথে ক্ষমতায় বর্তমান শারীরিকভাবে ভঙ্গুর রাষ্ট্রপতি সহ বেশিরভাগ কাঠামো অক্ষত রেখেছিলেন তখন ঢাকায় ছিলেন। যদিও তিনি প্রাথমিকভাবে অন্য সামরিক স্বৈরশাসকদের অনুকরণ করছেন বলে মনে হয়েছিল একজন বেসামরিক রাষ্ট্রপ্রধানে পরিণত হওয়ার আশায় কিন্তু পরে জানা যায় যে তার উচ্চাকাঙ্ক্ষা দৃষ্টান্তমূলকভাবে কম ছিল। তিনি কেবল তার স্বাভাবিক মেয়াদ শেষ করে অবসরে যেতে চেয়েছিলেন। ২০০৭ সালে প্রকাশিত তার আত্মজীবনীতে ভারতের রাষ্ট্রপতি প্রণব মুখার্জি এই সত্যটিকে অস্বীকার করেছিলেন। রাষ্ট্রপতি মুখার্জি ব্যাখ্যা করেছিলেন যে কীভাবে জেনারেল মঈন কেবল তার চাকরি বাঁচানোর জন্য একজন বিদেশী রাষ্ট্রপতির সামনে তাকে নামিয়েছিলেন এবং ফলস্বরূপ কীভাবে রাষ্ট্রপতি শেখ হাসিনার কাছ থেকে তার চাকরির আশ্বাস দিয়েছিলেন এবং সুরক্ষিত করেছিলেন। অনেক সমালোচক জেনারেল মঈনের এই বিশেষ আচরণকে বিশ্বাসঘাতক বলে মনে করেন। উচ্চাকাঙ্ক্ষার নির্বাসন আনাড়ি বাস্তবতার কারণে হতে পারে যে তিনি শীঘ্রই বুঝতে শুরু করেছিলেন যে তার পুরো পদক্ষেপটি তার মসৃণ সামরিক ক্যারিয়ারের বিপরীতে একটি অপাচ্য রাজনৈতিক ক্যারিয়ারে শেষ হতে পারে। তদুপরি, জেনারেল মইন যে কুখ্যাতি অর্জন করেছিলেন তাতে কূটনীতিকদের অবদানও ছিল যথেষ্ট। অভ্যন্তরীণ রাজনীতিতে তাদের সম্পৃক্ততা কূটনৈতিক রীতিনীতির বাইরে চলে গিয়েছিল যেখানে তারা জেনারেল মঈনের সাথে যোগসাজশ করেছিল বলে মনে হয়েছিল যা তাকে একটি রাজনৈতিক উচ্চাকাঙ্ক্ষাও প্ররোচিত করেছিল।